菌種選育包括選種和育種。選種即根據微生物的特性，應用各種篩選方法從自然界和生產中選擇需要的菌種；育種即進一步提高已有菌種的某種性能，使其更符合需要，一般通過誘變和雜交來實現。變異菌株中通常只有少數在某些性能方面比初始菌株有所提高，育種工作中也存在選種問題，選出的新菌種有待通過育種過程提高其性能，選種與育種有緊密聯系[1]。目前，微生物冶金中的硬件設施和工藝流程已經比較成熟，但浸礦微生物生長速度慢，只有大腸桿菌的萬分之一，且在實際浸礦體系中，表面活性劑、重金屬離子、鹵素離子等含量超過一定濃度時，將抑制細菌生長，甚至造成菌體死亡[2]。因此，要想充分發揮微生物浸礦方法的優勢，提高其礦物浸出效果，除了進一步改進工藝外，更重要的是要加強高效菌株的選育工作，改良菌種以獲得能適用多種礦石、適應能力強、氧化活性高并能大規模應用的高效工程菌。

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