以特定礦物為培養基選育細菌，利用礦物自身的特性，可以最大限度地減少有效菌種的損失，選育出適合礦物浸出的優勢菌種。劉新星等[10]用磁選機將磁黃鐵礦按照不同磁感應強度進行分離后，作為選育菌種的磁性培養基，篩選在不同磁性培養基中生長的最適菌群。試驗結果表明，強磁性培養基可以選育出以短桿狀、無磁性顆粒菌為主的菌群，而弱磁性培養基可以選育出長桿狀、有磁性顆粒菌為主的菌群。選育出的菌種與原始菌種相比，完全氧化培養基中亞鐵的時間由88小時縮短到30～46小時，其中尤以中磁性礦物選育的菌種氧化活性高。

誘變育種所獲得的優良菌株要應用到工業實際中去，必須是遺傳穩定的突變菌株，亦即在菌種保存和應用過程中其突變或抵制基因突變的頻率要很小，這就要求在育種過程中作一段長期的培養和觀測，反復傳代觀測其性狀穩定性；當培養穩定時，還要對保存的菌種作一定時期的復活培養，分離其未回復突變株、淘汰其回復突變株，并確定適當的保存方法和時期。

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