若稀土開發不善，甚至濫挖濫采不僅會給國家經濟上造成巨大的損失，也會對整個生態環境造成很大程度的破壞，特別是在采礦、煉油、回收稀土后若不對環境進行妥善的管理，對環境產生影響將會非常嚴重。其中最為嚴重危害就是來自稀土元素釷和鈾的輕度放射性漿尾礦。另外，毒酸是精煉稀土元素過程中的必須輔料，處理不得當將導致大范圍的環境破壞。一系列的環境問題包括水土流失，山體滑坡，地面裂縫和沉降、良田被毀、礦區水源富營養化、重金屬污染等問題將接踵而至。
　　具體危害如下：
　　與稀土伴生的釷和鈾具有強放射性，是核武器的主要原料。氟碳鈰礦雖被認為放射性較低，但這只是相對于獨居石而言，開采和提煉仍都存在放射性污染的可能。放射性污染問題，是稀土生產最受到許多國家和國際環保主義者指責的一個因素。
　　稀土礦提煉分離需要消耗大量硫酸或液堿，而提煉完成后的這些硫酸或液堿將會對環境造成嚴重的污染。
　　離子吸附型稀土礦提煉過程中產生的大量廢水、廢渣嚴重破壞了當地土壤和水源。
　　在內蒙古自治區包頭市郊區，包鋼稀土形成的稀土廢渣隨廢液通過管道輸送到尾礦壩堆積，日積月累形成了目前容量達1.7億噸的"稀土湖"，環境污染嚴重。
　　部分稀土礦區已不宜居住
　　贛州稀土開采一度使用池浸工藝，即所謂的"搬山運動"，像剃頭一樣，將山體表層土壤和植被搬走，采挖稀土，這對山體植被造成難以修復的破壞。另外，浸出、酸沉等工序產生的大量廢水富含氨氮、重金屬等污染物，嚴重污染飲用水和農業灌溉用水。據礦區內居民稱，原來她家的井水很好喝，一些鄰居會特地過來打水，可自從屋后有人開采稀土后，井里的水就被污染了，現在井已經成為擺設。揭開結滿蜘蛛網的井蓋，一股刺鼻的味道迎面撲來，打上來的水呈棕褐色。"拿去化驗，說是有毒，不能喝了，澆了菜都會死。"現在只好到別處去挑水喝，來回至少要半個小時。
　　不只是贛州，很多稀土產區周邊地區的生態都遭到嚴重破壞，有的甚至被貼上“不適合人類居住”的標簽。一些地區甚至連井水都被污染，當地居民的健康受到嚴重影響，惡性疾病高發；另一方面，不少稀土產區環境修復成本極其高昂，環境與資源代價往往超過收益，以江西贛州為例，稀土長期開采留下了大片廢棄礦山及環境污染。當地政府估計，要治理稀土開采所帶來的污染，需要投入380億元，而去年江西省全省稀土企業實現利潤不過65億元，而2010年的收入為15億元。據悉在2009年前，因為價格低廉，我國稀土行業一直利潤微薄，直到前年因價格大漲稀土行業才開始掙錢。這意味著，整個江西稀土企業幾十年的利潤，都遠遠填補不了380億元這個巨大的治污黑洞。

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