原生動物是單細胞動物，從原則上講，在億萬年的發展過程中，首先是由無機物發展到簡單的有機物由簡單的有機物發展到復雜的有機物，發展成像蛋白質、核酸等那樣復雜的大分子，發展出具有新陳代謝機能、但還無細胞結構的原始生命。這是最初的生活物質、生命形態。以后又經過漫長的年代，才由非細胞形態的生活物質發展成為有細胞結構的原始生物。由原始生物近代發展分化出原始的動物和植物。進而發展成現代的形形色色的原生動物。

　　在原生動物這四綱中哪一類是最原始的：過去有些人認為肉足綱變形蟲這一類動物是最原始的。因為其結構簡單，可是它是吞噬性營養，它需要吃其他原生動物或植物等，所以它不會是最早出現的。纖毛綱結構比較復雜，且為吞噬性營養，也不可能是最早出現的。孢子綱的動物全是寄生的，寄生的種類是由獨立生活的種類發展而來的，因此也不可能是最早出現的。只有鞭毛綱具有3種營養方式，因此一般認為鞭毛細是原生動物中最原始的一綱。

　　在鞭毛綱中到底是哪一類最早出現的這個問題還有爭論。過去有些人認為最目出現的是有色鞭毛蟲。因為它可以自己制造食物，但因為色素體結構比較復雜，不可能想象最早出現存如此復雜的結構。所以又有些人認為最早出現的不是有色鞭毛蟲，而是無色滲透性營養的鞭毛蟲，因為無色滲透性營養的鞭毛蟲一般構造比較簡單，這種說法看來可以被接受。因為物質的發展是由簡單到復雜，而在單細胞動物出現以前，已經存在著有機物的條件，當然并不是說由現在的無色鞭毛蟲發展來的，而可能是有些類似現在的無色鞭毛蟲,假定把它叫做原始鞭毛蟲。由原始鞭毛蟲經過漫長的歲月，形成現在的形形色色的鞭毛蟲�，F在有人認為領鞭毛蟲是最原始的，它是所有多細胞動物的祖先。

　　肉足綱也是從原始鞭毛蟲發展來的，因為很多肉足蟲如有孔蟲，其配子具鞭毛，根據生物發生津，說明其祖先是具鞭毛的。又某些種類如變形鞭毛蟲具鞭毛和偽足,這可說明鞭毛蟲與肉足蟲親緣關系密切。纖毛蟲可能是從原始鞭毛蟲發展成鞭毛蟲的過程中，又分出一支形成的，因為纖毛與鞭毛的結構是一致的說明這二綱的關系較近。孢子綱因全為寄生的，追溯其來源較困難。大致可看出有兩個來源如瘧原蟲、球蟲，其配子都具鞭毛，可能來源于鞭毛綱，而粘孢子蟲，其營養體全為變形體，可能來源于肉足綱。

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