300多年前，A.van列文虎克用約放大270倍的透鏡，第一個看到了很多自由生活和寄生生活的原生動物,他把眼蟲描述為“中間綠、兩端白”的蟲子,后人尊稱他為原生動物學之父。

　　1758年C.von 林奈應用雙名法命名了巨團藻蟲，大巨變蟲。G.A.戈爾德富斯1817年第一年用Protozoa(原生動物)一詞，但他把腔腸動物也包括進去。對原生動物下了正確定義的是 C.T.E.von西博爾德(1845)。C.G.埃倫貝格1838年把觀察的原生動物進行分類描述，提出初步的分類系統。20世紀初，從原生動物的經典分類研究逐步擴展到生理、營養、生態、遺傳等領域。50年代起,由于電子顯微鏡的應用，使原生動物的研究進入到亞顯微結構的水平。

　　近十余年來，應用顯微分光光度計、酶化學等方面的新技術，在分子水平上對原生動物進行微觀的研究。同時，通過應用計算機模型，也對原生動物的生態進行了群落級的宏觀研究。

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