巖漿可以通過兩種方式發生分異，即熔離作用和結晶分異作用，這是巖漿內部發生的一種演化。
1.熔離作用
原來均一的巖漿，隨著溫度和壓力的降低或者由于外來組分的加入，使其分為互不混溶的兩種巖漿，即稱為巖漿的熔離作用。日常生活中的油—水關系可以做為這方面的例子。在煉鐵爐中熔煉鐵礦石時，在CaCO3和CaF2等外加熔劑作用下，鐵水和熔渣(硅酸鹽熔體)就分為互不混溶的兩個液層，鐵水比重大而下沉，熔渣輕而上浮，這是同天然熔離作用很相似的又一例子。此外，也有人把玄武巖熔化后做試驗，在玄武巖熔體加入CaF2 ，結果熔體也分為兩個液層，上部為相當于流紋巖巖漿的酸性熔體層，下部為相當于橄欖巖的超基性熔體層。
目前認為，在天然的巖漿中硫化物、氧化物和硅酸鹽熔體可以發生熔離作用；一些含有銅鎳的基性巖漿在高溫時銅鎳硫化物熔體完全混溶于基性巖漿中，當溫度下降到某一限度后，此二種熔體即發生分離，銅鎳硫化物比重大而富集于底部成礦床，硅酸鹽熔體在上部固結成巖石。我國西南某地的含鉑硫化物礦床就是這樣形成。至于巖漿中不同的硅酸鹽熔體之間能否發生熔離作用，尚有爭議。不過一些人仍認為輝長巖中的條帶狀構造和某些珍珠巖中的球粒是硅酸鹽熔離作用造成的。甚至近來有人提出在上地幔的巖漿源區就能夠發生深部熔離作用從而產生安山巖漿和玄武巖漿的論點，尚待研究。
2.結晶分異作用
礦物的結晶溫度有高有低，因此，礦物從巖漿中結晶析出的次序也有先有后。在巖漿冷凝過程中礦物按其結晶溫度的高低先后同巖漿發生分離的現象叫結晶分異作用。結晶分異作用在玄武巖漿中研究得最為完備，由鮑文和貝萊(Baliey)于本世紀20年代即完成了實驗和地質方面的經典研究，成為巖漿巖的理論支柱之一。
玄武巖漿的結晶分異作用模式一般稱為鮑文反應原理，即隨著巖漿溫度的降低，橄欖石首先結晶，并由于它比重大而沉落于巖漿體底部形成橄欖巖；繼而輝石—基性斜長石同時結晶并沉落于橄欖巖“層”之上形成輝長巖；角閃石—中性斜長石同時析出構成閃長巖；而巖漿中越來越富SiO2、K2O、Na2O及揮發性組分，并慢慢地被已晶出的礦物“層”擠到巖漿體的頂部最后結晶出石英—鉀長石—酸性斜長石組合，即花崗巖。因為在這一分異過程中在礦物晶出后因其比重不同受重力作用而分別沉落、堆積，故又稱“重力結晶分異作用”。用這種理論能夠較圓滿地解釋層狀超基性—基性侵入巖雜巖體，并建立堆積巖理論。在有關層狀侵入體的礦床研究中，這種理論也得到了驗證，并起到了指導找礦的作用。所以，這種結晶分異觀點，經過半個多世紀的實驗研究、理論探索和地質觀察，對于層狀超基性—基性巖的成因解釋基本上得到了承認。但用玄武巖漿的分異作用解釋多數或全部巖漿巖的成因，尚有值得進一步研究的地方。
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