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�、萦捎谠鷦游锞哂胁牧弦椎�、大小適中、繁殖期短、容易培養、便于模擬等優點，在生物學的細胞、遺傳、生理、生物化學等領域中，它們常被用作實驗材料。
在醫學領域中也常用原生動物追蹤抗癌藥物在機體中的作用。寄生原生動物應用組織培養以取代天然的宿主，以便準確地觀察寄生蟲的生活情況，提出更好的防治方法。尋找免疫血清也是研究寄生原生動物的新途徑。纖毛蟲純系為防止種群衰老而用接合生殖、自體受精等方式活化細胞核，這對研究人的衰老很有啟示。在研究原生動物系統發育方面，提出用生物化學手段解決原生動物的種間關系。在纖毛蟲皮層結構非基因控制的遺傳現象的研究中，如果能解決機理問題，將是對遺傳學的一個新貢獻。
2.與人的關系：原生動物不僅對了解動物演化是重要的，而且和人生的關系也比較密切。比如寄生的種類直接對人有害。還有些對國民經濟有直接關系，一些寄生在害蟲體內的原生動物，也是研究害蟲生物防治的材料。自由生活的原生動物。有些種類能污染水源，造成赤潮危害漁業。另方面，有的種類可以作為有機污染的指標動物。大多數的植鞭毛蟲。纖毛蟲和少數的根足蟲是浮游生物的組成部分，是魚類的自然餌料。海洋和湖泊中的浮游生物又是形成石油的重要原料。有孔蟲。放射蟲的殼對地殼形成有意義。因此它們又是探測石油礦的標志。
此外，原生動物結構較簡單，繁殖快，易培養，因此是研究生物科學基礎理論的好材料,如眼蟲、變形蟲、草履蟲。生物科學基礎理論中，細胞生物學是一個重要的部分，而原生動物本身就是單個細胞，因此在揭示生命的一些基本規律中，原生動物已經顯示并將耍顯示其更大的科學價值。
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