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5.運動胞器：與鞭毛蟲、肉足蟲、纖毛蟲相應的運動胞器有鞭毛、偽足和纖毛。孢子蟲是寄生的，無專門的運動胞器，借身體的屈曲、滑動等方式移動，僅在生活史中的變形期，其小配子可借偽足和鞭毛運動。鞭毛蟲中除超鞭毛蟲有許多鞭毛外,一般常為1～2根 ,少數有8根。鞭毛是細胞質的絲狀突起,通常自身體前端伸出,少數自體側、腰溝、體后伸出成舵鞭毛。鞭毛還有捕食、附著、感覺的功能。它由兩部分組成:中央為1根有彈性的、由若干平行的纖維組成的軸絲，軸絲外部包著原生質鞘。原生動物中的鞭毛和一切真核生物中的鞭毛一樣,是“9+2”的格式（見纖毛、鞭毛）。鞭毛是從表膜下埋在細胞質內的、可染色的毛基體亦稱基體，在纖毛蟲中稱為動基體延伸到體外。一般鞭毛蟲有2個基體,位在細胞頂端，但只有一個基體上伸出一根鞭毛，另一個基體是禿的（如低等的錐蟲）或有一點鞭毛的痕跡(如眼蟲)。在較高等的動鞭毛蟲中，基體可有2、6、8甚至數百個不等。 在超鞭毛蟲中有2000根左右的鞭毛，基體數量總比鞭毛多5個，這5個不長鞭毛的基體在個體發育上具有重要的意義�；w本身不分裂，新的基體在靠近原有的基體處形成。電子顯微鏡觀察證實基體的外周微管排列格式與鞭毛相似，只是在雙重體中增加了第3根，成為三重體。
在寄生的鞭毛蟲中與鞭毛有關的構造還有波動膜、肋、脊突、副基器、副基絲、軸桿、盾、錘、紡錘簇等。鞭毛自頂端向基部作波浪運動，有平面的和螺旋的兩種波浪運動形式，均可使蟲體向任何方向移動。偽足根據形態可分為葉足、絲足、根足（又稱網足）和軸足四類。偽足除了行動之外，還有捕食、固著、感覺的功能。關于偽足的變形運動已研究了100多年,至今仍未解決。一般認為當變形蟲行動時，內質從半液態的溶膠轉化為半固態的凝膠，凝膠有收縮性，它對溶膠產生微壓,于是溶膠便向最薄弱的地方流去,并形成偽足。因此偽足像個凝膠管，溶膠被迫向管子流去。溶膠達到凝膠管前端接近表膜處就轉化為凝膠。在后部收縮的凝膠又轉化為新的溶膠。如此不斷重復，溶膠不斷向前流動，身體后部就不斷縮小，結果偽足便增大而成為身體的主要部分，同時前面又不斷形成新的偽足。這種變形運動常見于葉足型的種類。絲足、網足、軸足的運動便是另一形式，因為這類偽足很細，中央有較硬的纖維，溶膠像傳送帶似地沿著纖維向兩個相反方向流動。纖毛與鞭毛一樣，也是由軸絲和鞘組成，軸絲的亞顯微結構也是按“9+2”的格式排列。每根纖毛的基體伸出一細纖維，位于基體的左邊，并與同一行列內其他纖毛基體伸出的纖絲相連結，成為縱行的動纖絲。纖毛比鞭毛短而數量多。纖毛有運動、捕食和感覺的功能，而且隨分工不同而特化。有的纖毛愈合成小膜，在口緣成帶狀排列，動作有力而協調，便于將食物驅入口中。有的纖毛愈合成大的波動膜，突出在口緣之外。在下毛類中，背部纖毛退化，腹部纖毛融合成毛筆狀的棘毛。原生動物中運動最快的是纖毛蟲。每根纖毛在打水時，分效力擊打和恢復擊打兩種。整個纖毛的協調擊打、沿著身體產生4種類型的節律波。
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