一系列短期的突變(間斷)與長期的漸變(平衡)交替發生的過程。突變是由于舊門類的大規模絕滅和緊接著的新門類的爆發式新生和輻射適應；在新門類產生后，可以有一長期的穩定發展的漸變期，直至下一個間斷。大規模絕滅是指許多門類在地球上大部分地區在同一地質時期內絕滅。在隱生宙末，伊迪卡拉動物群的消失代表一次大絕滅。在顯生宙，有人統計共有6次大規模絕滅(寒武紀末、奧陶紀末、泥盆紀末、二疊紀末、三疊紀末、白堊紀末) 。其中二疊紀末的一次最為劇烈。每一次大規模絕滅,屬的交替達百分之數十,種的交替更大，可達90％以上。它們與緊接的新門類輻射適應相結合，構成地史上劃分相對地質年代的基礎。關于大規模絕滅的原因,可大致分為生物界本身(競爭、攫食、營養源、營養區、營養水平的改變等) 的原因、球內（溫度、鹽度、氣候、氧、淺海、大陸架區等的變化等）的原因和球外（輻射、撞擊、磁場改變等）的原因。近年來，認為由于球外星體撞擊，激起塵霧，造成蔽光、致冷、毒化等綜合影響，引起白堊紀末大規模絕滅；以及由于板塊拼合，大陸架區大海退引起二疊紀末大規模絕滅的說法相當流行。

　　古生物的分類系統

　　古生物的分類階元與生物學相同，即界、門、綱、目、科、屬、種，其間還有一些輔助單位如超科、超目、超綱、超門（生物學稱總科、總目），亞種、亞屬、亞科、亞目、亞綱、亞門等。古生物物種的概念與生物學物種相同，但由于化石不能判斷是否存在生殖隔離，故更著重以下特征：①共同的形態特征；②構成一定的居群；③居群分布于一定地理范圍。根據以上特征判明的化石種，被認為是自然的生物分類單元，具有客觀性。但是往往有些化石種僅根據生物體的某些部分(如植物葉片)的形態確定；或經詳細研究發現在同一種名下記述了分屬于不同分類單位的部分生物體；或同一分類單位具有幾種形態(如性雙形現象)，但已被分別給予獨立的種名。這些種叫做形態種，以區別于自然單元的種。屬也有同樣情況。另一不同點是，現代生物學分類中最低單位只有地理亞種，而古生物學分類中還有年代亞種，它是指同一種內，在不同時代分布上其形態特征不同的種群；年代亞種進一步發展，則成為年代種。

　　功能形態學

　　根據骨骼形態判斷功能。其基本原理是：絕大部分形態是適應的結果，是有功能的，這些功能可根據形態通過科學論證方法推斷出來。例如，頭足綱的隔壁與外殼的交界線-縫合線,在演化過程中其褶皺越來越復雜。對其原因曾提出3種假說:①褶皺增加殼的強度，以抵抗迅速浮沉時造成的壓力差；②褶皺部分為肌肉附著處,肌肉伸縮使動物體進退以改變全殼比重,調節升降；③外套膜褶皺增加分泌氣體和液體的面積，調節升降,隔壁褶皺是外套膜褶皺的結果。根據3種假說分別推斷應有的合理表現，并與縫合線的地史演變、個體發生相驗證，證明后二假說不能成立，第一種比較合理，這就弄清了形態──縫合線褶皺的功能。功能形態學研究可以推廣到古生態、古環境的推斷，如近來有些人主張恐龍不是變溫動物而是熱血動物，就是根據功能形態學作出的判斷。

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