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在許多地方，植物、魚和無脊椎動物就是以這種方式保存下它們的化石。
有些碳的薄膜精確地記錄了這些生物的最精細的結構。
化石還可以通過礦化作用和石化作用而保存下來。當含礦化的地下水把礦物沉淀于生物體的堅硬部分所在的空間時，使得生物的堅硬部分變得更堅硬、抵抗風化作用的能力更強。較普通的礦物有方解石、二氧化硅和各種鐵的化合物。所謂置換作用或礦化作用是生物體的堅硬部分被地下水溶解，與此同時其它物質在所空出來的位置上沉淀下來的過程。有些置換形成的化石的原始結構被置換的礦物所破壞。
不僅動植物的遺體能形成化石，而且表明它們曾經存在過的證據或蹤跡也都能形成化石。痕跡化石能提供有關該生物特點的相當多的情況。很多殼、骨、葉以及生物的其它部分，都能以陽模和陰模的形式保存下來。如果一個貝殼在沉積物硬化成巖之前就被壓入海底，它的外表特征就會留下壓�。幠＃�。如果陰模后來又被另外一種物質充填，就形成陽模。陽模能顯示出貝殼本來的外部特征。外部陰模顯示的是生物體硬部分的外部特征，內部陰模顯示的是生物體堅硬部分的內部特征。
一些動物以痕、印、足跡、孔、穴的形式留下了它們曾經存在的證據。
其中如足跡，不僅能表明動物的類型，而且提供了有關環境的資料�？铸埖淖阚E化石不僅揭示了它的足的大小和形狀，還提供了有關它的長度和重量的線索，留有足跡的巖石還能幫助確定恐龍生存的環境條件。世界上最著名的恐龍足跡化石發現于得克薩斯州索美維爾縣羅斯鎮附近的帕盧西河床中的晚白堊紀石灰巖中，年代大約在1.1 億年前。留有恐龍足跡的大的石灰巖板被運到全世界的博物館中，成為這種巨大爬行動物的啞證據。無脊椎動物也能留下蹤痕。在許多砂巖和石灰巖沉積層的表面可以看到它們的蹤跡。無脊椎動物的蹤痕既有簡單的蹤跡，也有蟹及其它爬蟲的洞穴。
這些蹤痕提供了有關這些生物的活動方式和生活環境的證據。洞穴是動物為著藏身覓食而在地上、木頭上、石頭上以及其它能打洞的物質上打出的管狀或圓洞狀的孔穴，后來若被細物質充填，就可能得以保存下來。打出該洞穴的動物的遺體偶爾也能在充滿洞中的沉積物中找到。在松軟的海底，蠕蟲、節肢動物、軟體動物以及其它動物都可留洞穴。某些軟體動物，如鑿船蟲——一種鉆木的蛤、石蜊（Litho- domus）——一種鉆石的蛤，它們的洞穴化石和鉆孔化石也常常能被發現。在人們所知的最古老的化石之中，有管狀構造，據認為這種管狀構造是蠕蟲的洞穴。在許多最古老的砂巖中，就有這種管狀構造。
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